Para os propósitos de classificação e comercialização, o índice máximo de impurezas permitido na massa de grãos é de 3%, estabelecidos nas portarias de classificação. Entretanto, a condição ideal de armazenagem é a isenção total de impurezas, pois constituem um habitat adequado para o desenvolvimento dos insetos-praga, ácaros, bactérias e fungos.
Durante a carga, acumulam-se no centro e nas paredes dos silos ou nos fundos dos graneleiros tipo “V”. Uma prática recomendável para a solução parcial deste problema é a remoção de parte da carga, do fundo para a parte superior da massa de grãos, com a remoção de uma camada de aproximadamente 5 mm de espessura, removendo toda a impureza concentrada e a distribuindo, superficialmente, na massa de produto. No caso dos silos verticais se devem remover o centro (“tubo de impurezas”).
A concentração de impurezas, em pontos específicos da massa, prejudica a distribuição do ar durante a aeração, o que geralmente se traduz em elevação da temperatura e degradação da qualidade ou perda total do produto.
A solução mais adequada para a redução do teor de impurezas é a instalação de uma máquina de limpeza depois do sistema de secagem, permitindo a operação denominada de pós-limpeza.